Dişleri ve çene kemiklerini ilgilendiren bozukluklar çoğunlukla anne karnında ortaya çıkar. Diş ve çene bozukluklarının meydana gelmesinde kimi zaman anne yada da babanın genetik özellikleri etkili olur. Kimi durumda gebelik sırasında annenin geçirdiği hastalıklar kemik gelişiminin düzensiz ya da eksik olmasına yol açar. Bazı durumlarda da çocukken geçirilmiş bir travma yada hastalık gelişimi olumsuz etkileyebilir.

Bu gibi durumlarda bozukluk; kimi zaman sadece dişleri, bazen sadece kemikleri ve çoğunlukla da hem dişleri hem kemikleri aynı anda etkilemiştir. Dişler çapraşıksa sadece ortodontik tedavi; kemikte etkilenmişse hem ortodontik tedavi hem de ameliyat gerekir. Bu çenelerdeki yapısal ve şekilsel bozukluğun düzeltilmesi için yapılan bu ameliyatlar (ortognatik), kişi kemik gelişimini tamamladıktan sonra (genellikle 20 yaşından sonra) yapılır.